Perez_guijosa_a.1fv.trabajo_25/02/2012.doc
La quimioinformática es un novedoso cruce entre la química y las
ciencias de la computación (informática, en lo que sigue) que, poco a poco, se
está dando a conocer más allá de los círculos ultraespecializados. En Llamada
perdida (2002), Michael Connelly se atrevió a sustituir temporalmente al
carismático Harry Bosch, protagonista de sus anteriores novelas, por el hacker
y químico Henry Pierce. Más recientemente, Wired, la revista techie por
antonomasia, ha publicado un texto sobre el Chemical Abstracts Service, un
portal de pago que da acceso a diversas bases de datos donde se puede buscar
información sobre compuestos que puedan tener algún interés farmacológico.
Quimioinformática: química e informática
Muy sintéticamente: la química es la
ciencia que estudia la composición, estructura y propiedades de la materia, y
la informática es la disciplina (¿ciencia?) cuyo campo es el almacenamiento,
procesamiento y comunicación de la información a través de computadores.
Evidentemente del simple cruce de una ciencia con la informática no sale
automáticamente una nueva disciplina: hay quimioinformática, hay
bioinformática pero nadie emplea el término "matematicoinformática" o
"físicoinformática" pese a que las técnicas de computación avanzada
se empezaron a usar de manera intensiva mucho antes en matemáticas o física que
en química o biología.
Los científicos relacionados con la química y las ciencias de la vida han
trabajado tradicionalmente en lo que en argot se denomina in vitro (en el
laboratorio). Pero en los últimos tiempos –y, sobre todo, a raíz del mediático
Proyecto Genoma– cada vez tienen más peso las herramientas in silico, es decir,
la realización de pesados cálculos matemáticos o simulaciones que necesitan de
enormes recursos computacionales. Debido a la poca experiencia de este tipo de
científicos –sobre todo los químicos, no tanto los biólogos– en el mundo de la
informática se produjo un fenómeno curioso que no tiene correspondencia en
otras disciplinas, como la física, que también recurren en abundancia a la
informática: hasta hace muy poco, la práctica totalidad del software utilizado
en química era propietario y de pago, y la presencia del software libre casi
nula (en realidad, no es tanto que los laboratorios físicos y matemáticos hayan
sido pioneros en la difusión del software libre, cuanto que la penetración de
Microsoft y Apple en la computación científica ha sido mínima). Poco a poco
esta tendencia se ha ido invirtiendo, pero lo cierto es que queda mucho camino
que recorrer. No es casual, en este sentido, que en el artículo de Wired
mencionado más arriba se hablara de un servicio de pago.
En el principio fue la bioinformática
Genoma Humano fue un proyecto académico, público e internacional, que acabó
compitiendo con una iniciativa similar privada dirigida por el disidente Craig
Venter, quien diseñó un ingenioso método, conocido como shotgun, que desarrolló
con éxito Celera Genomics. El reto consistía en secuenciar el genoma humano (es
decir, algo así como “leerlo”) para identificar los genes presentes en él. Este
proyecto dio un impulso definitivo al diseño e implementación de bases de datos
de contenido biológico, a la computación distribuida entre centros muy lejanos
físicamente y, en general, al uso intensivo de la computación en el campo de
las ciencias de la vida. En definitiva, supuso la puesta de largo del nuevo
campo de la bioinformática.
De hecho, hay autores que consideran la quimioinformática como
una mera rama de la bioinformática. Para otros, en cambio, el término hace
referencia a las diferentes técnicas computacionales que se utilizan in silico
en el descubrimiento de nuevos fármacos. Finalmente hay científicos que
entienden la quimioinformática como un campo más amplio, que cubre
todos los aspectos computacionales relacionados con la química. En cualquier
caso, lo cierto es que existe un campo específico de la informática especialmente
interesante para la industria farmacéutica y los centros e institutos de
investigación, con una comunidad bien definida y en expansión, y con afán de
profundizar no sólo en los aspectos técnicos de su campo, sino también en los
políticos.
Debates y desarrollos
En el seno de la (pequeña) comunidad quimioinformática se
están produciendo una serie de debates de cierto calado. En primer lugar,
evidentemente, se discute en torno al uso y desarrollo de software libre. Pero
algunos científicos, como el brillante Egon Willighagen, profundizan además en
los principios del conocimiento libre. Así, Willighagen contrapone el
intraducible concepto de chemblaics al de cheminformatics (quimioinformática).
“Chemblaics” no es sólo una quimioinformática que usa software libre,
sino que defiende además que los resultados de las investigaciones deberían
estar siempre disponibles para su estudio y verificación. Precisamente es una
constante en la comunidad el debate sobre si lo importante es el uso de
software libre o más bien que los resultados de las investigaciones sean libres
(no es casual que todos los contenidos del recién creado Journal of
Cheminformatics sean de libre acceso).
Otro aspecto muy interesante en torno a la quimioinformática es
la ingente cantidad de información que se está generando y que, como apunta
Joerg Kurt Wegner, no se está procesando y estudiando de manera adecuada debido
a que las distintas comunidades científicas actúan a veces como compartimentos
estancos, un fenómeno que se ve agravado por el uso de patentes y copyrights
restrictivos (ya ocurrió algo análogo en el contexto del Proyecto Genoma
Humano). Rich Apodaca, en cambio, reflexiona en torno a los proceso y criterios
que rigen la publicación de las investigaciones y resultados de la ciencia en
general y la química en particular (mucho menos transparentes y razonables de
lo que se piensa). Así, propone como alternativa agilizar la difusión del
conocimiento a través de la “micropublicación” y otros cauces novedosos de
comunicación de los resultados científicos. Por último, hay que hablar de la
enorme influencia de las redes sociales en esta rama de la ciencia, no sólo son
constantes las alusiones a la Web 2.0, sino que empieza a reclamar que la
presentación de resultados sea un proceso tan sencillo como incrustar un vídeo
de Youtube o la creación de un Last.fm para la comunidad.
